Perkembangan AFA bermula pada tahun 1886, apabila sekumpulan guru bahasa dari Perancis dan United Kingdom yang diketuai pakar bahasa dari Perancis bernama Paul Passy, memebentuk satu pertubuhan yang bakal digelar Persatuan Fonetik Antarabangsa. Tujuan asal pertubuhan ini adalah untuk mereka satu set aksara fonetik berbeza bagi setiap bahasa, yang mana sesuatu aksara itu melambangkan bunyi yang berlainan antara satu bahasa dengan satu bahasa lain.[7] Contohnya, bunyi /ʃ/ (sy dalam syarat; sh dalam shoe) asalnya diwakili huruf <c> dalam bahasa Inggeris manakala bunyi sama diwakili huruf <x> dalam bahasa Perancis.[8] Meskipun begitu, atas sebab tertentu persatuan ini kemudian memutus untuk memastikan setiap satu daripada huruf-huruf ini sama bagi setiap bunyi dalam semua bahasa, iaitu jika sesuatu bunyi itu terdapat dalam beberapa bahasa tertentu, maka lambang yang sama patut dipakai untuk bunyi tersebut dalam semua bahasa. Lambang ini juga boleh diaplikasi pada bunyi-bunyi yang amat serupa.[9] Versi rasmi pertama AFA dikeluarkan pada tahun 1888, dua tahun setelah pembentukan Persatuan Fonetik Antarabangsa,[10] berdasarkan huruf Romik ciptaan Henry Sweet,[11][12] yang turut dibentuk daripada Phonotypic Alphabet ciptaan bersama Isaac Pitman dan Alexander John Ellis.[13]

Sejak penciptannya, penyusunan huruf vokal dan konsonan kebanyakannya dikekalkan bentuknya. Namun, huruf-huruf ini sendiri telah mengalami sediki pengubahsuaian. Konvensyen Kiel IPA yang dilangsungkan pada tahun 1989 banyak membawa perubahan pada versi 1932. Satu pengubahsuaian kecil dilakukan pada tahun 1993, melibatkan penambahan vokal tengah-tengah[4] serta penanggalan simbol bagi bunyi implosif tanpa suara.[14] Kali terakhir IPA diubah suai adalah pada bulan Mei 2005, yang mana aksara bagi kibasan bibir-gigi ditambah.[15]